Všechny příměstské vlaky, které jedou do Prahy z jihu, končí dnes na Hlavním nádraží, ty ze severu pak na Masarykově. Obě nádraží to velmi zatěžuje a také limituje jejich kapacitu pro vlaky z větších vzdáleností. Zejména se zahájením provozu vysokorychlostních vlaků pak budou jejich možnosti při současném stavu naprosto nedostačující.
Idea metra S spočívá v tom, že vlaky příměstské dopravy nebudou končit na nádražích ve směru, ze kterého přijíždějí, ale budou pokračovat dál do města. Nikoli ovšem po povrchu, ale v tunelech s podzemními stanicemi, v nichž budou stavět podobně jako klasické metro. Tento princip není ničím výjimečným, uplatňuje se v řadě světových měst, například ve Frankfurtu, Paříži, Mnichově či Londýně.
Metro S se má skládat ze dvou tunelů, které se mimo centrum města napojí na stávající tratě. Oba mají začínat v prostoru Florence a pokračovat ke Státní opeře. Tam se rozdělí, jeden povede na západ pod Karlovo náměstí a pak pod Vltavou na Smíchovské nádraží a druhý na jih k nové stanici metra D Náměstí bratří Synků. Celý systém by pak s napojenými stávajícími tratěmi obsloužil oblasti Kralup, Čelákovic, Běchovic, Benešova, Berouna a letiště s pokračováním na Kladno. Umožnil by velmi elegantně například z Kolína dojet až do Radotína nebo třeba z Benešova až na letiště. Ale dovolil cestujícím vystoupit i v samém centru Prahy, v plánech se počítá se stanicí u Státní opery, v bezprostřední blízkosti Hlavního nádraží i Václavského náměstí.
Pro systém metra S nechala Správa železnic zpracovat studii proveditelnosti, která ukáže konkrétní možnosti stavby a samozřejmě také předpokládané náklady, které se určitě budou pohybovat v desítkách miliard korun.
